En 1799, se estableció el apostadero del Callao, siendo su primer Comandante el Brigadier de la Real Armada don Tomás de Ugarte y Liaño.
En 1802, el sabio alemán Alejandro Von Humboldt observó desde los torreones de la fortaleza del Real Felipe el paso de Mercurio por el disco del Sol, para determinar, con exactitud la longitud de Lima.
En 1819, apareció en el Callao la escuadra del Almirante Tomás Alejandro Cochrane retando a los cañones de bronce de la Fortaleza del Real Felipe. El 29 de octubre de 1820, se presentó por segunda vez la escuadra del Almirante Cochrane conduciendo al Ejército Libertador de San Martín, que iba a establecer su cuartel general en Huaura.
Las primeras operaciones navales de Cochrane y Guisse encendieron llamaradas de fe y optimismo en el alma de la ciudadanía y el 5 de noviembre de 1820 culminaron con la fantástica captura de la fragata española "Esmeralda".
El 21 de setiembre de 1821, capituló el Gobernador de la Fortaleza del Real Felipe, al Mariscal de Campo de los Ejércitos Nacionales de España, José de La Mar, y es arriada la bandera de los Leones de Castilla para izar, luego, la bandera roja y blanca de la Libertad. El Callao se incorpora así a los pueblos que habían jurado la Independencia del Perú. El General San Martín expidió un Decreto Supremo disponiendo que el Castillo del Real Felipe se denominara en lo sucesivo: "Castillo de la Independencia". Y con motivo de la celebración del centenario de la capitulación de Rodil, acontecimiento al que precedió importantes obras de restauración del Castillo, el Decreto Supremo de 9 de octubre de 1925 consigna su nombre original de "Real Felipe". La Ley No. 11841 de 19 de mayo de 1952, declara "Monumento Nacional del Real Felipe, del Callao, santuario de gloriosas acciones cívicas que han comprometido la gratitud de la República".
El 14 de julio de 1822, el General San Martín se embarcó en el Callao y a bordo de la goleta "Macedonia" se dirigió a Guayaquil para entrevistarse con Bolívar.
El 18 de junio de 1823, el general realista José de Canterac ocupó Lima y el Ejército, el Congreso, el Ejecutivo, así como los funcionarios públicos, se trasladaron al Callao, instalándose en el Real Felipe. El Callao fue entonces la Capital de la República.
El 31 de agosto de 1823, llegó al Callao el bergantín "Chimborazo" trayendo al Libertador Simón Bolívar, quien hizo su entrada apoteósica el 1º de setiembre del mismo año.
El 5 de febrero de 1824 se produjo la sublevación del Sargento Dámaso Moyano y los Castillos del Real Felipe son entregados a las fuerzas del Virrey La Serna, asumiendo el comando de la Fortaleza el Coronel José María Casariego, que se hallaba prisionero. Más tarde fue nombrado Gobernador de la Fortaleza el Brigadier José Ramón Rodil.
Uno de los primeros actos de los amotinados tuvo como episodio sublime la actitud del negro "Faluche", Antonio Ruiz, quien cumpliendo su deber de centinela, se negó bravamente a arriar la Bandera de la Libertad, para izar el pendón español. Exclamó que no había venido a traicionar sino a libertar; y quebrando su fusil contra el asta del torreón, cayó fulminado por las balas de la traición.
Otros episodios de la tenaz resistencia del Real Felipe fueron el sacrificio de Fray Pedro Marieluz en 1825, sellando su vida y rubricando con su sangre el secreto de la confesión para unirse en la mansión de la gloria con los mártires del deber. Presionado por Rodil para delatar, prefirió morir en la ley del espíritu. Entre los muros pétreos y mazmorras dantescas murió también, como hambriento millonario, el Marqués de Torre Tagle. Había huido de la muerte y tuvo que rendirle tributo en su condición de asilado.
El 22 de enero de 1826, concluyó el asedio dirigido por el venezolano Bartolomé Salom, culminando el drama de la resistencia de José Ramón Rodil con la segunda capitulación del Real Felipe cuando ejercía la Presidencia del Consejo de Gobierno el Mariscal José de La Mar, quien, como soldado realista, fue el jefe de la primera capitulación. Por decreto del Consejo de Gobierno de 1º de febrero de 1826, se creó una medalla, "que tenga un torreón con una bandera nacional" para premiar los heroicos esfuerzos del Ejército sitiador y de la Escuadra unida. Esta medalla fue convertida en Escudo del Callao con motivo de la celebración del 1º Centenario de la Provincia Constitucional del Callao, en 1957. El proyecto se formuló en sesión municipal de 20 de agosto de 1936, centenario de la autonomía política del Callao.
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